La variante D614G del SARS-CoV-2 circuló en Cuba en 2020. Nuevas variantes virales fueron detectadas tras la apertura de la frontera en noviembre de 2020. En este trabajo se muestran los resultados de la vigilancia genómica en Cuba desde el 28 de diciembre de 2020 al 28 de septiembre de 2021, y su relación con la situación epidemiológica del paÃs.
Se procesaron un total de mil 406 exudados nasofarÃngeos de pacientes con COVID-19 para la extracción de ARN y se amplificó y secuenció el fragmento 1836 pb del gen de la espiga.
Las mutaciones presentes se determinaron utilizando la base de datos GISAID. Los Ãndices de prevalencia se estimaron ajustando los modelos de regresión univariados y multivariados de Poisson para investigar las asociaciones entre el grupo de variantes del SARS-CoV-2 (VOC, no VOC) y el resultado de la enfermedad.
Se detectaron diecisiete variantes genéticas, incluidas VOC Alpha, Beta, Gamma y Delta, una variante de interés (VOI) (Lambda) y dos VOI anteriores (A.2.5.1 y Zeta/P.2). Las variantes Beta (34,77%), Delta (24,89%) y D614G (19%) fueron las detectadas con mayor frecuencia. Para junio, Delta aumentó en frecuencia, desplazando a Beta.
La gravedad de la enfermedad aumentó significativamente con la edad y la VOC (PR = 1,98, IC 95%: 1,33-3,05, p <0,05). La vigilancia genómica nos permitió identificar el aumento de nuevas variantes y que, coincidiendo con el perÃodo de mayor epidemia, co-circulaban múltiples variantes.
Si bien no podemos descartar que se haya producido una falla en las medidas de contención de la transmisión, es muy sugerente el aumento en el número de casos asociados a la circulación de varias variantes, particularmente las variantes Beta y Delta. Se observó una mayor asociación de la variante Beta con la gravedad clÃnica y la variante Delta con una mayor transmisibilidad.
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