Determinar qué variante genética del SARS-CoV-2, causante de la pandemia de la COVID-19, está presente en el país y cuál infecta cada territorio resulta de gran importancia, pues de acuerdo a sus características de transmisibilidad y virulencia se pueden tomar decisiones en materia de salud pública, ya sea en cuanto a detección, tratamiento, hospitalizaciones y medidas de contención.
En Cuba se han detectado hasta el momento 16 variantes del coronavirus a través de los estudios de secuencia que se realizan, como parte de la vigilancia genómica, en los laboratorios del Instituto de Medicina Tropical “Pedro Kourí” (IPK).
Acerca de cómo se desarrolla este proceso la Doctora en Ciencias Lissette Pérez Santos, investigadora del Departamento de Virología del IPK, explicó en exclusiva a la Agencia Cubana de Noticias que se trata de un estudio complejo, que a pesar de ser una prueba de PCR (reacción en cadena de la polimerasa) difiere de la que comúnmente se efectúa para identificar el virus.
Detalló que estos patógenos pueden tener un formato de ADN (ácido desoxirribonucleico) o ARN (ácido ribonucleico) y mediante los estudios de secuenciación se determina su estructura básica y los cambios que en ella ocurren como parte de la propia replicación.
s virus tienen numerosas proteínas y nosotros decidimos en el caso del SARS-CoV-2 analizar la de la espícula, por ser la puerta de entrada a la célula humana y donde se producen la mayoría de las mutaciones, información que luego nos permite clasificar cada variante, agregó.
Aclaró que a partir de una muestra se realiza una primer PCR que convierte el ARN viral en ADN, lo que busca amplificar y detectar la proteína de la espícula.
Después de purificado este producto pasa a una segunda reacción, en este caso una reacción de secuencia, cuya finalidad es conocer la distribución de los nucleótidos en la región seleccionada.
Luego, continuó, esa muestra se lleva a un secuenciador automático, el que nos da como resultado final una seria de fragmentos de dicha secuencia que se trasladan entonces a un programa que, empleando una secuencia de referencia del coronavirus, une los pequeños segmentos obtenidos con anterioridad para obtener un único fragmento que se envía a la base de datos GISAID y el resultado se compara con las variantes reportadas a nivel mundial.
Pérez Santos puntualizó que una vez identificada la posible variante, según el patrón mutacional detectado en el segmento amplificado, y para asegurar que se trata de ella, se amplifican y secuencian dos porciones más de la proteína, lo que hace que esta quede secuenciada en casi su totalidad, y este resultado se compara con lo reportado en la base de datos de GISAID.
La especialista comentó que el proceso resulta engorroso porque puede demorar varias horas desde que se toma la muestra hasta que se monta el PCR, se corre en el secuenciador y, trabajando al máximo, se obtiene en alrededor de tres días el resultado de 24 pacientes.
No es posible que cada persona positiva a COVID-19 conozca la variante que lo infectó, pues estas pruebas llevan tiempo y son extremadamente caras, por la infraestructura y los recursos que requieren, además el resultado a nivel individual no cambia el tratamiento de los pacientes, sino que su impacto radica en las medidas a aplicar por el sistema de salud, acotó.
La investigadora del IPK precisó que el virus es aún nuevo, tiene una transmisión diferente y se está adaptando; en estos momentos ocurren las mutaciones debido a que evoluciona para sobrevivir.
Subrayó que en los organismos vivos existe una enzima llamada polimerasa, que participa en la replicación y que tiene la capacidad de corregir errores que se pueden producir de manera natural en el proceso de replicación.
Los virus ARN, como el SARS-CoV-2, utilizan enzimas retrotranscriptasas, que transcriben de ARN a ADN y carecen de esa capacidad correctora de errores, por lo cual se establecen como nuevos linajes.
El equipo del IPK conformado por cinco especialistas, ha llevado a cabo más de mil 400 secuenciaciones, lo que permitió registrar variantes del SARS-CoV-2 clasificadas como de preocupación por la Organización Mundial de la Salud: Alfa (notificada en Reino Unido), Beta (Sudáfrica), Gamma (Brasil) y Delta (India), así como otras de interés y algunos patrones mutacionales.
Actualmente, en el país, al igual que en más de 140 naciones, está presente la Delta, considerada dos veces más contagiosa que las anteriores, con una carga viral que incrementa en más de mil veces en comparación al virus original y solo necesita de cuatro días desde que la persona se infecta y comienza a transmitir, por lo que esta forma de COVID-19 cambia la epidemiología cada vez que llega a un territorio. [Por: Sheila Noda Alonso]
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