La nueva variante del SARS-CoV-2, denominada ómicron, ha sido calificada “de preocupación” por la Organización Mundial de la Salud, por el alto número de mutaciones y su rápida diseminación a nivel internacional.
Este estudio tuvo como objetivo evaluar in silico la protección que pueden ofrecer las vacunas cubanas anti-covid-19 frente a la variante ómicron, mediante la identificación de epítopes compartidos.
Con el uso de herramientas bioinformáticas, se obtuvieron y compararon epítopes T y B del dominio de unión al receptor de la proteína S de SARS-CoV-2, a partir de las secuencias incluidas en las vacunas Abdala y Soberana, así como en las variantes alfa, beta, gamma, delta y ómicron, todas obtenidas del GenBank y alineadas en la región comprendida entre los residuos 319-541. Se calcularon los porcientos de epítopes idénticos, de aquellos con algún cambio en la secuencia y los epítopes diferentes.
Se encontraron epítopes T conservados entre las vacunas y las cepas delta y ómicron: FTNVYADSFVIRGDE (392-406), SFVIRGDEVRQIAPG (399-413), NLKPFERDI (460-468), ELLHAPATV (516-524) y STNLVKNKCVNFNFN (530-544). La región comprendida entre los residuos 522 y 540 incluyó epítopes B identificados por todos los algoritmos, tanto en las vacunas como en las variantes del virus. Entre aislamientos seleccionados de la variante ómicron se producen cambios que dan lugar a líneas heterogéneas y potenciales modificaciones en su inmunogenicidad.
En conclusión, los epítopes compartidos entre las vacunas cubanas y la variante ómicron justifican la utilidad de la vacunación con los inmunógenos en uso en Cuba, y las dosis de refuerzo, cuya protección se conservará, al menos parcialmente.
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