Nextstrain: una herramienta que analiza la epidemiología molecular del SARS-CoV-2

La preocupación mundial por la COVID-19, como una amenaza global para la salud pública, fue el motor para que los análisis filogenéticos sufrieran un crecimiento exponencial.

El objetivo de esta revisión fue describir el modo de funcionamiento y las bondades de la herramienta Nextstrain, así como el secuenciamiento del virus SARS-CoV-2, causante de la enfermedad- en el mundo.

Se empleó la interfaz de la página de Nextstrain para mostrar sus funcionalidades y los modos de visualización de datos, y se descargaron estos de la web GISAID para mostrar la cantidad de secuenciamientos del SARS-CoV-2 hasta la fecha. Nextstrain es un proyecto de código abierto creado por biólogos bioinformáticos, para aprovechar el potencial científico y de salud pública de los datos de genomas de patógenos. Nextstrain consiste en un conjunto de herramientas que toman secuencias sin procesar (en formato FASTA). Nextstrain realiza una alineación de secuencia de los datos de entrada en alineación de secuencia múltiple basada en la transformación rápida de Fourier. Se basa en el uso de dos softwares: Augur y Auspice.

Los autores concluyen que Nextstrain es una herramienta eficaz para mostrar datos epidemiológicos de manera simple para un público no especializado. Puede ser utilizado en la salud pública, ya que muestra datos en tiempo real de las epidemias y su distribución geográfica. Se puede emplear para dar seguimiento a los brotes como es el caso del COVID-19.

Vea el artículo completo en: Iglesias-Osores S, Alcántara-Mimbela M, Arce-Gil Z, Córdova-Rojas L, López-López E, Rafael-Heredia A. Nextstrain: una herramienta que analiza la epidemiología molecular del SARS-CoV-2. Revista Cubana de Información en Ciencias de la Salud [revista en Internet]. 2021 [citado 2021 Jun 30];32(2):[aprox. 0 p.]. Disponible en: http://www.rcics.sld.cu/index.php/acimed/article/view/1582

Directora de la OPS asegura que las vacunas contra la COVID-19 son eficaces a pesar de las variantes de preocupación

La Directora de la Organización Panamericana de la Salud (OPS), la doctora Carissa F. Etienne, aseguró hoy que las vacunas siguen siendo efectivas contra la COVID-19 a pesar de la circulación de nuevas variantes del virus en las Américas.

«Hasta el momento, la OPS ha constatado que el impacto de las variantes de preocupación en la eficacia de las vacunas contra la COVID-19 ha sido mínimo», afirmó Etienne durante una rueda de prensa semanal.

Sin embargo, las variantes aumentan la necesidad de ampliar el acceso a las vacunas en Latinoamérica y el Caribe, añadió. «Muy pocos lugares se benefician de todo el potencial de las vacunas, ya que existe una enorme brecha de acceso en nuestra región», destacó. «Esto es inaceptable, y la aparición de variantes hace aún más urgente que aceleremos el suministro en los lugares con mayor transmisión».

Agregó que la OPS ha estado rastreando las variantes del virus SARS-CoV-2 desde junio de 2020, cuando se creó la Red Regional de Vigilancia Genómica. Esta red ha compartido más de 52 mil secuencias virales de América Latina y el Caribe y continúa monitoreando las variantes de preocupación.

Hasta ahora, 43 países y territorios de las Américas han detectado la variante Alfa, 18 países han notificado casos de la variante Beta; 29 de la variante Gamma, y 14 de la variante Delta, entre ellos Argentina, Aruba, Brasil, Canadá, Chile, Guayana Francesa, Guadalupe, Martinica, México, Puerto Rico, Estados Unidos, Barbados, Perú y San Martín, detalló la directora de la OPS.

Aumento de casos e interrupciones en los servicios

En cuanto al aumento continuo de los casos de COVID-19 en los países de América Latina y el Caribe, Etienne indicó que tan sólo en los países de las Américas se registraron 1,1 millones de nuevas infecciones por COVID-19 y 30 mil muertes la semana pasada, lo que eleva el recuento total de casos a más de 72 millones y las muertes a casi 1,9 millones.

«Las interrupciones de los servicios de salud esenciales siguen siendo generalizadas en toda la región, y 29 países informan de interrupciones en casi la mitad de los servicios», puntualizó la Directora de la OPS. «A pesar de este preocupante panorama, sólo una de cada diez personas en América Latina y el Caribe ha completado su esquema de vacunación contra la COVID-19».

«El impacto de la vacunación en la salud pública es innegable y lo estamos viendo en lugares con alta cobertura. A medida que más personas se vacunan, menos se enferman de gravedad. Con el paso del tiempo, esto tendrá un impacto en la transmisión, manteniéndonos a todos a salvo».

Desafíos por cambios estacionales

Etienne también se refirió a los desafíos que representan las diferentes estaciones del año en la región. Entre ellas, el verano en el norte y el invierno en el sur. «Ahora puede no ser el momento ideal para viajar, especialmente a lugares con brotes activos o donde la capacidad hospitalaria pueda ser limitada», advirtió.

Los países que se enfrentan a la temporada de huracanes deben reforzar «la coordinación entre los equipos de salud pública, protección civil y emergencias que podrían ser llamados a actuar en caso de que surja una tormenta».

Instó a los países a utilizar sistemas de alerta eficaces y a considerar el equipamiento de los hospitales y la ampliación de los refugios para reducir el potencial de transmisión, incluso entre los miembros de una misma familia, ya que el distanciamiento social y la ventilación adecuada se dificultan en el contexto de un fenómeno meteorológico extremo.

En el hemisferio sur, donde ha comenzado el invierno y la temporada de influenza, los países deben reforzar los sistemas de vigilancia para controlar la propagación de los virus respiratorios, incluido el SARS-CoV-2, además de enfocarse en el uso de las medidas de salud pública de probada eficacia, como el lavado de manos y el uso de mascarillas.

La Directora de la OPS señaló que más de 13 países han comenzado sus campañas de vacunación contra la influenza estacional y que más de 80 millones de personas ya están protegidas. «Sin embargo, todavía tenemos mucho que hacer para limitar la transmisión de la COVID y de otras enfermedades respiratorias», consideró.

Etienne también agradeció a los Estados Unidos sus donaciones de vacunas a América Latina y el Caribe, y mencionó que esperaba que otros países siguieran este ejemplo «para que podamos ampliar el acceso a las vacunas lo antes posible».

Nota informativa sobre la COVID-19 en Cuba: 30 de junio

Al cierre del día de ayer, 29 de junio, Cuba reportó 2 mil 970 nuevos casos de COVID-19, 14  fallecidos y mil 889 altas médicas, de acuerdo con la información ofrecida por el Ministerio de Salud Pública (Minsap) en su parte diario.

La autoridad sanitaria cubana informó que se encuentran ingresados para vigilancia clínica epidemiológica 42 mil 765 pacientes, sospechosos 9 mil 607, en vigilancia 17 mil 656 y confirmados activos 15 mil 502.

Para la COVID-19 se analizaron 34 mil 585 muestras para la vigilancia en el día, resultando 2 mil 970 positivas. De estos estudios se realizaron 19 mil 021 muestras de PCR y con antígeno se estudiaron 15 mil 564 personas. El país acumula 5 millones 113 mil 084 muestras realizadas y 190 mil 993 positivas.

De los 2 mil 970 casos diagnosticados:

– 2 mil 768 fueron contactos de casos confirmados
– 73 tiene fuente de infección en el extranjero
– 129 no tienen fuente de infección precisada
– 20,4% (607)  fue asintomático
– Sexo femenino: 1495, sexo masculino: 1475

De los 190 mil 993 pacientes diagnosticados con la enfermedad, se encuentran ingresados 15 mil 502, de ellos 15 mil 313 (98,7%) con evolución clínica estable. Hasta el momento se reportan mil 284 fallecidos (14 en el día) dos evacuados, 54 retornados a sus países y 174 mil 151 pacientes recuperados (91,1%) (mil 889 altas en el día). Se atienden en las terapias intensivas 189 pacientes confirmados, de ellos 77 en estado crítico y 112 en estado grave.

Residencia por provincia y municipios de los casos confirmados:

Pinar del Río: 150 casos

  • Consolación del Sur: 10 (contactos de casos confirmados).
  • Guane: 15 (contactos de casos confirmados).
  • La Palma: 3 (contactos de casos confirmados).
  • Los Palacios: 12 (contactos de casos confirmados).
  • Mantua: 7 (contactos de casos confirmados).
  • Minas de Matahambre: 11 (contactos de casos confirmados).
  • Pinar del Río: 62 (61 contactos de casos confirmados y 1 importado).
  • San Juan y Martínez: 2 (contactos de casos confirmados).
  • Sandino: 17 (contactos de casos confirmados).
  • Viñales: 11 (contactos de casos confirmados).

Artemisa: 99 casos

  • Alquízar: 2 (contactos de casos confirmados).
  • Artemisa: 28 (26 contactos de casos confirmados y 2 sin fuente de infección precisada).
  • Bahía Honda: 9 (contactos de casos confirmados).
  • Bauta: 6 (contactos de casos confirmados).
  • Caimito: 11 (contactos de casos confirmados).
  • Candelaria: 10 (contactos de casos confirmados).
  • Guanajay: 2 (contactos de casos confirmados).
  • Güira de  Melena: 2 (contactos de casos confirmados).
  • Mariel: 13 (11 contactos de casos confirmados y 2 importados).
  • San Antonio de los Baños: 6 (contactos de casos confirmados).
  • San Cristóbal: 10 (contactos de casos confirmados).

La Habana: 370 casos

  • Diez de Octubre: 56 (53 contactos de casos confirmados y 3 importados).
  • Arroyo Naranjo: 38 (35 contactos de casos confirmados y 3 importados).
  • Boyeros: 35 (31 contactos de casos confirmados y 4 importados).
  • Centro Habana: 17 (contactos de casos confirmados).
  • Cerro: 26 (25 contactos de casos confirmados y 1 importado).
  • Cotorro: 18 (17 contactos de casos confirmados y 1 importado).
  • Guanabacoa: 11 (10 contactos de casos confirmados y 1 importado).
  • Habana Vieja: 17 (15 contactos de casos confirmados y 2 importados).
  • Habana del Este: 13 (contactos de casos confirmados).
  • La Lisa: 23 (contactos de casos confirmados).
  • Marianao: 40 (39 contactos de casos confirmados y 1 importado).
  • Playa: 30 (28 contactos de casos confirmados y 2 importados).
  • Plaza de la Revolución: 25 (20 contactos de casos confirmados y 5 importados).
  • Regla: 6 (5 contactos de casos confirmados y 1 importado).
  • San Miguel del Padrón: 15 (contactos de casos confirmados).

Mayabeque: 159 casos

  • Batabanó: 17 (contactos de casos confirmados).
  • Bejucal: 8 (contactos de casos confirmados).
  • Güines: 55 (48 contactos de casos confirmados y 7 sin fuente de infección precisada).
  • Jaruco: 3 (2 contactos de casos confirmados y 1 sin fuente de infección precisada).
  • Madruga: 14 (contactos de casos confirmados).
  • Melena del Sur: 5 (contactos de casos confirmados).
  • Nueva Paz: 2 (contactos de casos confirmados).
  • Quivicán: 8 (contactos de casos confirmados).
  • San José de las Lajas: 36 (contactos de casos confirmados).
  • San Nicolás de Bari: 3 (contactos de casos confirmados).
  • Santa Cruz del Norte: 8 (7 contactos de casos confirmados y 1 sin fuente de infección precisada).

Matanzas: 790 casos

  • Calimete: 20 (contactos de casos confirmados).
  • Cárdenas: 305 (294 contactos de casos confirmados, 2 importados y 9 sin fuente de infección precisada).
  • Ciénaga De Zapata: 10 (contactos de casos confirmados).
  • Colón: 61 (58 contactos de casos confirmados, 1 importado y 2 sin fuente de infección precisada).
  • Jagüey Grande: 9 (7 contactos de casos confirmados y 2 importados).
  • Jovellanos: 3 (contactos de casos confirmados).
  • Limonar: 33 (contactos de casos confirmados).
  • Los Arabos: 78 (contactos de casos confirmados).
  • Martí: 11 (10 contactos de casos confirmados y 1 sin fuente de infección precisada).
  • Matanzas: 230 (220 contactos de casos confirmados, 3 importados y 7 sin fuente de infección precisada).
  • Pedro Betancourt: 13 (12 contactos de casos confirmados y 1 importado).
  • Perico: 16 (contactos de casos confirmados).
  • Unión De Reyes: 1 (contacto de caso confirmado).

Cienfuegos: 66 casos

  • Abreus: 1 (contacto de caso confirmado).
  • Aguada de Pasajeros: 2 (contactos de casos confirmados).
  • Cienfuegos: 35 (32 contactos de casos confirmados, 1 importado y 2 sin fuente de infección precisada).
  • Cruces: 3 (contactos de casos confirmados).
  • Cumanayagua: 6 (5 contactos de casos confirmados y 1 importado).
  • Lajas: 17 (contactos de casos confirmados).
  • Palmira: 2 (contactos de casos confirmados).

Villa Clara: 120 casos

  • Camajuaní: 3 (contactos de casos confirmados).
  • Cifuentes: 1 (contacto de caso confirmado).
  • Corralillo: 13 (contactos de casos confirmados).
  • Encrucijada: 1 (contacto de caso confirmado).
  • Manicaragua: 8 (contactos de casos confirmados).
  • Placetas: 6 (contactos de casos confirmados).
  • Quemado de Güines: 1 (contacto de caso confirmado).
  • Ranchuelo: 4 (contactos de casos confirmados).
  • Sagua la Grande: 19 (contactos de casos confirmados).
  • Santa Clara: 55 (53 contactos de casos confirmados y 2 sin fuente de infección precisada).
  • Santo Domingo: 9 (contactos de casos confirmados).

Sancti Spíritus: 115 casos

  • Cabaiguán: 10 (contactos de casos confirmados).
  • Fomento: 9 (4 contactos de casos confirmados y 5 sin fuente de infección precisada).
  • Jatibonico: 10 (6 contactos de casos confirmados y 4 sin fuente de infección precisada).
  • La Sierpe: 1 (contacto de caso confirmado).
  • Sancti Spíritus: 63 (52 contactos de casos confirmados y 11 sin fuente de infección precisada).
  • Taguasco: 6 (contactos de casos confirmados).
  • Trinidad: 7 (6 contactos de casos confirmados y 1 sin fuente de infección precisada).
  • Yaguajay: 9 (8 contactos de casos confirmados y 1 sin fuente de infección precisada).

Ciego de Ávila: 158 casos

  • Baraguá: 2 (contactos de casos confirmados).
  • Bolivia: 4 (3 contactos de casos confirmados y 1 sin fuente de infección precisada).
  • Chambas: 1 (importado).
  • Ciego de Ávila: 64 (contactos de casos confirmados).
  • Ciro Redondo: 6 (contactos de casos confirmados).
  • Majagua: 1 (contacto de caso confirmado).
  • Morón: 73 (65 contactos de casos confirmados y 8 importados).
  • Venezuela: 7 (contactos de casos confirmados).

Camagüey: 278 casos

  • Camagüey: 187 (175 contactos de casos confirmados y 12 importados).
  • Céspedes: 19 (contactos de casos confirmados).
  • Esmeralda: 3 (contactos de casos confirmados).
  • Florida: 30 (contactos de casos confirmados).
  • Guáimaro: 2 (contactos de casos confirmados).
  • Jimaguayú: 8 (contactos de casos confirmados).
  • Minas: 4 (1 contacto de caso confirmado, 2 importados y 1 sin fuente de infección precisada).
  • Nuevitas: 8 (7 contactos de casos confirmados y 1 importado).
  • Sibanicú: 3 (contactos de casos confirmados).
  • Vertientes: 14 (11 contactos de casos confirmados y 3 importados).

Las Tunas: 99 casos

  • Amancio: 9 (contactos de casos confirmados).
  • Colombia: 24 (contactos de casos confirmados).
  • Jesús Menéndez: 2 (contactos de casos confirmados).
  • Jobabo: 4 (contactos de casos confirmados).
  • Las Tunas: 48 (45 contactos de casos confirmados, 1 importado y 2 sin fuente de infección precisada).
  • Majibacoa: 1 (contacto de caso confirmado).
  • Manatí: 3 (2 contactos de casos confirmados y 1 sin fuente de infección precisada).
  • Puerto Padre: 8 (3 contactos de casos confirmados y 5 importados).

Granma: 76 casos

  • Bartolomé Masó: 7 (contactos de casos confirmados).
  • Bayamo: 27 (contactos de casos confirmados).
  • Buey Arriba: 2 (contactos de casos confirmados).
  • Guisa: 5 (contactos de casos confirmados).
  • Jiguaní: 1 (contacto de caso confirmado).
  • Manzanillo: 17 (contactos de casos confirmados).
  • Media Luna: 2 (contactos de casos confirmados).
  • Niquero: 4 (contactos de casos confirmados).
  • Río Cauto: 7 (contactos de casos confirmados).
  • Yara: 4 (contactos de casos confirmados).

Holguín: 130 casos

  • Antilla: 1 (contacto de caso confirmado).
  • Cacocum: 4 (3 contactos de casos confirmados y 1 sin fuente de infección precisada).
  • Calixto García: 3 (contactos de casos confirmados).
  • Cueto: 33 (28 contactos de casos confirmados y 5 sin fuente de infección precisada).
  • Gibara: 8 (contactos de casos confirmados).
  • Holguín: 59 (46 contactos de casos confirmados, 1 importado y 12 sin fuente de infección precisada).
  • Mayarí: 4 (contactos de casos confirmados).
  • Moa: 4 (contactos de casos confirmados).
  • Rafael Freyre: 3 (contactos de casos confirmados).
  • Sagua de Tánamo: 6 (5 contactos de casos confirmados y 1 sin fuente de infección precisada).
  • Urbano Noris: 5 (3 contactos de casos confirmados y 2 sin fuente de infección precisada).

Santiago de Cuba: 283 casos

  • Contramaestre: 37 (36 contactos de casos confirmados y 1 importado).
  • Guamá: 15 (contactos de casos confirmados).
  • Mella: 10 (9 contactos de casos confirmados y 1 sin fuente de infección precisada).
  • Palma Soriano: 26 (9 contactos de casos confirmados y 17 sin fuente de infección precisada).
  • San Luis: 19 (18 contactos de casos confirmados y 1 sin fuente de infección precisada).
  • Santiago de Cuba: 141 (122 contactos de casos confirmados y 19 sin fuente de infección precisada).
  • Segundo Frente: 2 (contactos de casos confirmados).
  • Songo La Maya: 25 (17 contactos de casos confirmados y 8 sin fuente de infección precisada).
  • Tercer Frente: 8 (contactos de casos confirmados).

Guantánamo: 77 casos

  • Baracoa: 16 (contactos de casos confirmados).
  • El Salvador: 9 (contactos de casos confirmados).
  • Guantánamo: 46 (contactos de casos confirmados).
  • Manuel Tames: 1 (contacto de caso confirmado).
  • Niceto Pérez: 5 (4 contactos de casos confirmados y 1 sin fuente de infección precisada).

COVID-19 en el mundo

Hasta el 29 de junio se reportan 190 países y 30 territorios con casos de COVID-19, ascienden a 182 millones 401 mil 970 los casos confirmados (+ 330 mil 657) con 11 millones 493 mil 228 casos activos y 3 millones 949 mil 317 fallecidos (+ 6 mil 718) para una letalidad de 2,17 (=).

En la región de las Américas se reportan 73 millones 176 mil 580 casos confirmados (+ 113 mil 557), el 40,11 % del total de casos reportados en el mundo, con 7 millones 507 mil 645 casos activos y 1 millón 914 mil 438 fallecidos (+ 2 mil 819) para una letalidad de 2,62 ( = ).

Más información:

– Infomed. Infecciones por coronavirus. COVID-19

Microbiota intestinal y los primeros 1000 días de vida

El proceso de colonización del microbioma intestinal en los primeros 1000 días de vida tiene repercusión en la salud y enfermedades del niño dependientes de factores de riesgo.

En este estudio se revisan evidencias importantes sobre el significado de la relación entre la microbiota Intestinal y los primeros 1000 días de vida, y repercusión de los principales factores de riesgo.

Se analizaron publicaciones en idiomas español e inglés en PubMed, Google Scholar y SciELO: enero 2005-febrero 2020 usando los términos microbiota intestinal, microbiomas, primeros 1000 días de vida, factores de riesgo, enterocolitis necrosante, probióticos y prebióticos.

Análisis e integración de la información: Hay demostrados argumentos que vinculan la microbiota intestinal y primeros 1000 días de vida del niño, según modo de parto, tiempo de gestación y lactancia. Se examina los beneficios del parto vaginal, lactancia materna y la aparición de enfermedades a mediano y largo plazo, relacionadas con factores de riesgo, como cesárea, prematuridad, lactancia artificial y exposición antibiótica prenatal y posnatal. Se describe resultados favorables con el uso de bioterapia con probióticos y prebióticos en la enterocolitis necrosante.

Conclusiones: Se expone el valor de la microbiota intestinal en los primeros 1000 días de vida para la salud del niño, influenciada por condiciones de normalidad como el parto vaginal y la lactancia materna e implicaciones clínicas relacionadas con factores de riesgo mencionado. Es importante el tratamiento con probióticos multicepas y prebióticos para la recuperación de la microbiota en el niño en enfermedades como la enterocolitis necrosante y estados de sepsis grave.

Vea el artículo completo en: Castañeda Guillot, C. (2021). Microbiota intestinal y los primeros 1000 días de vida. Revista Cubana de Pediatría, 93(3). Recuperado de http://revpediatria.sld.cu/index.php/ped/article/view/1382

Convocan a curso sobre fijación externa

La Sociedad Cubana de Ortopedia y Traumatología, la Universidad de Ciencias Médicas de La Habana, la Facultad «General Calixto García» y la Facultad «Comandante Manuel Fajardo», anuncian la celebración de un curso sobre fijación externa, que se efectuará los días 7, 14, 21 y 28 de julio de 2021.

El Hospital Ortopédico Docente «Fructuoso Rodríguez» servirá como sede de los encuentros y los ponentes serán:

» Profesor Emérito Dr. Cs. Alfredo Ceballos Mesa
» Profesor Dr. C. Horacio Tabares Neyra
» Profesor Dr. C. Roberto Balmaseda Manent
» Instructor Dr. Octavio Álvarez Benito
» Instructor Dr. Yuri Materno Parra

Temas por día

7 de julio / 09:00 a.m. Inauguración

Recordatorio de osteosíntesis interna. Fijadores lineales, circulare, híbridos. Características. Montaje de fijadores al hueso.
Dr. Cs. Alfredo Ceballos Mesa
Dr. C. Horacio Tabares Neyra

14 de julio / 09:00 a.m.

Fijación externa en fracturas de cadera
Dr. C. Roberto Balmaseda Manent

Fijación externa en fracturas de pelvis ósea
Dr. Octavio Álvarez Benito

21 de julio / 09:00 a.m.

Fijación externa en fracturas de tibia
Dr. Cs. Alfredo Ceballos Mesa

Fijación externa en colgajos cutáneos de miembros inferiores
Dr. Yuri Materno Parra

28 de julio / 09:00 a.m.

Fijación externa en infecciones de los miembros
Dr. Cs. Alfredo Ceballos Mesa

Fijación externa en politrauma
Dr. Cs. Alfredo Ceballos Mesa

Clausura. Necesidad del tratamiento por fijación externa en lesionados durante la pandemia
Dr. C. Horacio Tabares Neyra

Para más información contactar al Dr. Cs. Alfredo Ceballos Mesa.

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